展示生物は250種、約5000点と見ごたえ十分の水族館。施設は魚介類を展示する本館、海獣公園、イルカスタジアム、遊園地「小樽祝津マリンランド」がある。館内ではネズミイルカと魚が一緒に泳ぐ「ほのぼのプール」やコツメカワウソを360度観察できる水槽など、独自の工夫がいっぱい。オタリアとイルカのショーや、セイウチお食事タイムなど、様々なショーにも注目！

北海道にゆかりのある約50両の車両の他、明治18年に輸入された「しづか号」などを屋内外で展示。実際に明治42年に造られた「アイアンホース号」が引く客車に乗れる蒸気機関車乗車体験もできる。（※運行は夏期期間のみ。11：30、13：30、15：30の１日3回。土日祝日は14：30も運行）